Ксавьер и его команда с помощью одного из знакомых высокопоставленных чиновников в сенате, политика-мутанта Хэнка по прозвищу "Зверь", находит мальчика, способностью которого является умение частично блокировать клетки организма, отвечающие за мутации. Начинается разработка нового препарата, способного излечить мутантов и Роуг яростно поддерживает эту идею, желая избавиться от своих способностей. Но у Хэнка и Ксавьера есть своя точка зрения.
Циклоп не может смириться и пережить потерю любимой Джин, пожертвовавшей собой во имя спасения команды в борьбе с обезумевшим полковником Страйкером. Он отправляется на место её гибели и погибает, сойдя с ума и пытаясь сжечь ненавистное озеро, поглотившее возлюбленную. В результате Джин восстает из мертвых а Логан и Шторм возвращают её профессору. Но теперь Джин переродилась и стала гораздо могущественнее. Очнувшись, она сбегает из лаборатории Ксавьера.
В это самое время в другом конце страны Магнето вместе с мутантами, перешедшими на его сторону, обьявляет войну людям, разрушая Сан-Франциско и пытаясь убить того самого мальчика, источник разрабатываемо лекарства и предотвратить излечение мутантов.
И неизвестно, на чью сторону встанет теперь Джин...